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高性能計算與基因測序竟然如此親密

來源:比特網 發布時間:2018.09.17
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高性能計算可以做什么?天氣預報、汽車碰撞模擬、工業設計以及基因測序等等,相比之下基因測序的市場增長飛快,從2007-2013年復合增長率為33.53%,它不僅僅是一個科研項目,而是從實驗室逐漸走向大眾市場。

相比其他行業,基因測序所需要的計算、內存以及數據存儲量都非常大,因此高性能計算機必不可少。

基因測序給高性能計算提出新挑戰

諾禾致源在全球運行25臺NovaSeq、20臺PacBio Sequel、30臺HiSeq X、11臺HiSeq 2000/2500/4000、4臺MiSeq、4臺NextSeq 500、6臺Life Ion Proton(DA8600)、2臺S5XL和5套Q Exactive HF-X等最先進的基因測序儀,建立了亞洲通量規模最大的基因測序平臺,將實現每年280,000人全基因組測序的超高通量。

成立于2011年3月的諾禾致源最初以科技服務為主。2012 年,諾禾致源開始拓展腫瘤基因檢測服務。發展至今,諾禾致源業務已經覆蓋科技服務、腫瘤基因檢測及遺傳檢測三大領域。

諾禾致源副總裁吳俊表示,基因測序在幾年前,需要7-8天才能完成,測試一次需要一萬人民幣。隨著技術的飛速發展,現在做一個人的基因測序只需2.5天,只需1000美金。之所以說數據量大,是因為一套測序完成后要有6TB數據需要存儲,對于存儲的挑戰也是非常之大。

諾禾致源借助聯想超算實現業務跨越

中國測序行業在全球范圍內占10%,而歐洲20%多,美國50%多,整個行業數據量是非常大的?;驕y序技術發展了40年,但軟件還在不斷的升級過程中。所以在算法上還沒有得到完全的優化,數據量又這么大,這是整個行業面臨的問題。

對于生物行業來講,對計算的要求非常高,機器計算的配置要足夠的優化。另外數據量比較大,還要將數據收回,這就意味著每一次成本都非常高,同時IO的讀寫速度也要跟得上。

因此,一套高穩定、高性能的系統才能夠使生物信息學應用更加方便快捷,同時也能夠高效率的處理數據,保證業務不中斷。

諾禾致源采用聯想統一的集群監控管理,作業調度,結合聯想高性能的服務器,從各個方面保證了整套系統的穩定性,大大提高了用戶的使用穩定性和減少了故障率,為用戶提高生產力提供持續不間斷的支持。

醫藥行業高性能計算應用潛力巨大

“醫藥是我們現在能看到的最完整的一個產業鏈?!甭撓霐祿行臉I務集團制造行業總監許子牛這樣認為。所謂最完整產業鏈指的是技術需求從研發開始,生物制藥需要研發系統、數據存儲,包括光譜分析,成分分析、藥動力分析,再過渡到生產,生產非常嚴格,要通過各種認證以及保質期等等。

可以設想一下未來,基因測序的模式一定會變,不會再把血樣直接送到某個中心去,而是前端一定會做預處理,真正的分析工作才是核心價值。預處理完數據,做分析的時候才傳輸到相應的系統里。

為什么我們會關注邊緣計算?因為未來社會一定是把簡單數據的處理放在前端,后端去做前端做不了的事情。所以,未來的普及一定是基因測序業務模式的改變。為什么我們現在很關注邊緣計算,因為在很多領域全部都是這樣的,比如鉆井的時候會產生不同的數據,以前專家在現場,現在專家不在現場,通過各種傳感器的數據傳到前端的計算機,做預處理,把這些數據通過衛星傳到總部,由總部的專家指導。

目前聯想研究院正在整合邊緣計算的整體方案,從物聯網到前端計算平臺設計,對醫療行業聯想也在思考,也希望能在這方面發力。

聯想HPC為諾禾致源提供計算存儲支持

目前,聯想提供的刀片式高性能運算系統,提供了將近200萬億次計算能力,配置超過10PB的存儲空間。本套集群很好的承載了諾禾致源華東地區的業務,有效的改善公司在華東計算資源不夠的限制。

據相關資料顯示,諾禾致源已經擁有全球領先的高性能計算平臺,數據中心運算能力已提升至1727T flops,總內存410TB,總存儲60.2PB,有效地支撐著生命科學研究和醫療健康兩大領域對大數據分析和存儲的需求。

未來,基因學研究將成為醫療領域的熱門項目,而高性能計算機則承擔著像醫療器械一樣重要的職責,面對海量的數據處理及存儲,你準備好了嗎?

(作者:佚名 編輯:ahtianen)


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